琴峰书院历史悠久，始建于清乾隆20年(1755)，由饶邑县令宫文雅所倡办，在社学的基础上改建而成。当年建成后称“在城书院”，翌年易名为“三饶书院”，清光绪三年(1877)，则正式定名为“琴峰书院”。
书院座落于三饶城东的大金山，不定名为“大金山书院”，非座落于城西的琴峰山，而定名“琴峰书院”，委实令人感到有点莫明其妙，然却是事出有因。在书院正式定名的清光绪三年之前，潮州府早已有“金山书院”。而按照惯例，县应避讳于府，既然府邑先有书院名“金山”，故县邑的书院虽在大金山，也不能以“金山”冠名。更何况尚有一“大”字。因而只好用县衙后的琴峰山冠名，取名“琴峰书院”。
琴峰书院的定名事出有因，正是由于此名称之所致，而使后世有些人认为琴峰书院应该在琴峰山麓，错将大金山作琴峰山；现代的一些资料，也常有将大金山误称为琴峰山者，估计亦可能因此缘故。究其实，大金山和琴峰山分别座落于三饶古城的城东、城西。琴峰山位于三饶路北端、三饶镇政府后面，据《饶平县志》记载：望耕台建于琴峰山上，置县时，建县署于琴峰山之南麓。大金山则位于三饶孔庙之北，琴峰书院之西，据《饶平县志》中记载：明成化14年(1478)建学宫于大金山之南麓。志书所载，可正此两山之名以避误称，特附记于此。
清末，废科举、兴学堂，琴峰书院也于光绪三十二年(1906)改为县立学堂；1921年又改为“饶平县立第一高等学堂”；解放后则改为“三饶镇小学”，再改为“三饶镇中心小学”至今。（蓝汉钊）
